第二，良渚文化并不是今天绝大多数中国人特别汉族的祖先。从分子遗传学证据上，同时期的另一重要新石器文化遗址龙山文化与商朝一样同属O3分支，显然龙山文化与商朝的联系更加密切。良渚文化反山墓地的主人（应该是统治者）属于O1基因型，在汉族只有少量分布（应该是混血造成的），但应该与南岛诸族包括台湾高山族拥有共同祖先，血缘上更接近。
第三，考古证据显示，良渚文化很可能遭遇严重的水灾被迫迁徙。北向迁徙的途中遭遇了本土龙山文化的抗击，很可能发生战争后被龙山文化打败。作为胜利者的龙山文化可能以战利品的形式部分融合了良渚文化当时发达的农业和手工业成果，所以良渚文化对华夏文明有一定的贡献。良渚文明其它分支从目前的考古遗址看都逐渐没落了，没有再发展出类似良渚这样发达和有影响力。
第四，很遗憾的是到今天为止，在良渚文化遗址上还没有发现类似甲骨文一样的系统文字，只有一些简单原始的刻画在陶器上的符号。这些陶符作为文字的话，跟其它已经被广泛承认的古文字成熟度上差距很明显，而且世界各地其它同时期的新石器文化也都有类似的不太系统的符刻，都没有被作为完整成熟的文字系统来对待。按通行的考古学对文明的定义，一般要求必须发明了文字，然后有一定规模的城市或礼仪祭祀类活动迹象才可定义为文明。良渚文化因为缺失成熟的文字体系而暂时不能定义为文明……
如果我们一定要追根溯源，寻找中华文明在新石器时代的源头，那么显然其中最重要的主干就是从龙山文化到二里头文化再到商周这一分支，无论分子遗传学证据、还是出土文物的特征，都更有承上启下的历史关联性。
良渚遗址申遗成功，似乎很多人不开心，更有甚者，认为她不属于华夏文明、中华文明，我只能呵呵一笑。异议者想必都是北方人为主吧，自认为是华夏传统区。确实，根据史料、实物，北方（黄河流域）是华夏文明重要发源地。但也不代表现代的你们就是正统了啊！也不想想，几千年间，北方尤其是中原地区，历经多少次战争，人口更迭几个轮回了！汉族内斗不说，光五胡乱华和元朝时期，中原地区遭遇如何！所以以华夏正统自居的人群，先查查自己的家谱，你来自何方！最后我想说的是，事物是发展的，不要太狭隘，现在还是我们中华大地上的东西都是我们全体中国人的。
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